「超能力开发研究所」突然遭到无数不明物体的攻击，研究所已经完全被破坏殆尽。混乱中，原本在研究所中的超能力者令与纱绫香趁隙逃了出来。数月之后，不明物体的攻击再度出现，这次的目标竟然是纱绫香，翔一闻讯之后立即变身为假面骑士亚极陀，与G3-X一同前住救援。但战斗中G4的出现让大家非常震惊。在两个月前，G4的蓝图被盗，它的力量过于强大，所以装备它的人都会性命不保。到底是谁偷走G4设计图又制造了它？不明物体的攻击到底来自何方？假面骑士亚极陀，G3-X，G4与不明物体之间的战争一触即发！

「超能力开发研究所」突然遭到无数不明物体的攻击，研究所已经完全被破坏殆尽。混乱中，原本在研究所中的超能力者令与纱绫香趁隙逃了出来。数月之后，不明物体的攻击再度出现，这次的目标竟然是纱绫香，翔一闻讯之后立即变身为假面骑士亚极陀，与G3-X一同前住救援。但战斗中G4的出现让大家非常震惊。在两个月前，G4的蓝图被盗，它的力量过于强大，所以装备它的人都会性命不保。到底是谁偷走G4设计图又制造了它？不明物体的攻击到底来自何方？假面骑士亚极陀，G3-X，G4与不明物体之间的战争一触即发！

在刚好是假面骑士系列30周年的2001年播放的《假面骑士AgitΩ》，是承接前作《 假面骑士空我》的好评进行制作的“平成假面骑士系列”第二作。在故事方面，描述的是在空我两年后（《假面骑士空我》、《假面骑士AgitΩ》两部作品的时间轴被刻意错开）三位假面骑士为了保护人类而战的故事。这部作品在开头部分就提示了许多“谜”，之后以一个谜被解开、但是同时另一个谜却变得更深沉难解的方式，来衍生出后续剧情发展。当初节目刚开始就有发表剧中会有 假面骑士AgitΩ、 假面骑士G3、 假面骑士Gills三名假面骑士登场，当然，一部作品中主角级的假面骑士就多达三人这设定在假面骑士的历史上是首例。而且这三位假面骑士，分别是 继承空我变身和形态转换要素的AgitΩ， 仿佛骑士人再现的G3，还有 类似假面骑士Shin给人有如生物、怪物般印象的Gills，表现出各有特色的丰富个性。另外，敌人 未知生命体的设计，是请出 出渊裕、 草彅琢仁等知名设计师操刀这点也可以说是本剧特征之一。另外，谈到这部作品时不能忘记的，还有在节目尾声，第35话开始登场的“ 假面骑士Another AgitΩ”之存在。饰演的 菊池隆则当时42岁，是当时历代最高龄的假面骑士，也因为他的年纪接近当年实际收看《 假面骑士》长大的世代，特别受高年龄层观众的支持。由 出渕裕设计，在细部加入 生物般的造型、此外并具有 让人联想到假面骑士1号的造型设计，同样也是Another AgitΩ受到广大支持的要因。《假面骑士AgitΩ》同时也是平成假面骑士系列中第一部有制作剧场版的假面骑士。2001年9月22日上映的《剧场版 假面骑士AgitΩ PROJECT G4》，只有在这部剧场版中有登场的 假面骑士G4成为话题。另外，在电视本篇播放途中的2001年10月1日晚上7点，这一般所谓的黄金时段还特别播出假面骑士AgitΩ特别篇《新的变身》。其中登场的“ 假面骑士G3 Mild”，同样也被设定成只有在这一话特别篇中登场的假面骑士。在日本平成年间让假面骑士复活的作品是《假面骑士空我》，但是，打出“ 有复数假面骑士登场，充满谜团的故事”这概念，而决定了之后不断承接的“ 平成假面骑士系列”方向性，则毫无疑问是受到这部《假面骑士AgitΩ》的影响。

警方为应对未确认生命体开发了G3系统，该系统是依据未确认生命体4号——蒙面超人古迦的力量设计而成。系统的着装员是警员冰川诚，他为人真诚但略显粗犷。与此同时，警方另一部门在荒岛上发现了古代文明并展开解码工作。 当未确认生命体再度现身，连G3都难以抗衡时，神秘的金色蒙面超人亚极陀登场了。这位蒙面超人是失忆青年津上翔一变身而成，起初他因无法控制力量而袭击了G3。 翔一暂时借住在美杉义彦家中，在这里他结识了拥有超能力的风谷真鱼。真鱼帮助翔一四处寻找失去的记忆，期间他们遇到了苇原凉。凉在父亲的遗物中发现一本记事本，里面提到的姓名无人知晓。在探查父亲死因的过程中，凉意外发现自己竟是另一个蒙面超人——矶烙使。由于矶烙使是不完整的亚极陀，凉变身后会出现后遗症。有一次他陷入危险，幸得因超古代文明遗传因子诞生的青年相救。此后，陆续出现的未确认生命体都被翔一、凉和诚成功击败。 后来，凉误会女朋友是被亚极陀……

A little girl named Sayoko witnesses the murder of an Interpol agent by the G.O.D. kaijin Hercules. Keisuke Jin saves her before Hercules disposes of her. Sayoko tells Keisuke that G.O.D. is targeting an important official named Kibara. Kamen Rider X has his hands full when G.O.D abducts Kibara and takes Sayoko and her mother hostage.

故事以TV版为基础，战斗所剩下的骑士只有六人：城户真司、秋山莲、北冈秀一，浅仓威，雾岛美穗和一位神秘骑士。雾岛美穗成为假面骑士骑士的目的是要杀死浅仓为姐姐报仇，并让姐姐复活。 为了报仇的美穗不理真司的阻止，仍多次与浅仓战斗，却反而令自己陷入危机，当浅仓向美穗下毒手时，龙牙突然出现解救美穗，并以强大的力量将王蛇压倒 ，令美穗成功杀死浅仓。 由于美穗以为是真司救了她，便相约他出来吃东西希望报答他，而真司和美穗的感情亦得以发展，可惜这个美好时刻却被邪恶的假面骑士龙牙破坏。镜中世界的真司假冒真正的真司袭击美穗，美穗与龙牙战斗但处于下风，虽然美穗被真司所救，但最后因伤重而死…

故事以TV版为基础，战斗所剩下的骑士只有六人：城户真司、秋山莲、北冈秀一，浅仓威，雾岛美穗和一位神秘骑士。雾岛美穗成为假面骑士骑士的目的是要杀死浅仓为姐姐报仇，并让姐姐复活。 为了报仇的美穗不理真司的阻止，仍多次与浅仓战斗，却反而令自己陷入危机，当浅仓向美穗下毒手时，龙牙突然出现解救美穗，并以强大的力量将王蛇压倒 ，令美穗成功杀死浅仓。 由于美穗以为是真司救了她，便相约他出来吃东西希望报答他，而真司和美穗的感情亦得以发展，可惜这个美好时刻却被邪恶的假面骑士龙牙破坏。镜中世界的真司假冒真正的真司袭击美穗，美穗与龙牙战斗但处于下风，虽然美穗被真司所救，但最后因伤重而死…

“如果神用六天创造出了世界，我将在六十分钟内破坏殆尽，创造出乐园。”突然出现的神秘男子艾斯 / 假面骑士伊甸，与信仰他的数千名信徒一起，在世界各地引发多起恐怖行动。人们接连崩溃倒下，世界陷入了巨大混乱之中……为了阻止他，飞电或人、不破谏、刃唯阿、天津垓，以及灭亡迅雷站的迅、灭等人站了出来，身为假面骑士，他们一边与敌人战斗，一边奋力追查真相。拥有压倒性强大力量的艾斯到底是什么人？他试图创造乐园，又有什么意图？跨越人类和AI的隔阂，拯救世界！

‘如果神用六天创造出了世界，我将在六十分钟内破坏殆尽，创造出乐园’ 　　突如其来现身的谜之男子伊斯 / 假面骑士Eden，与信仰他的一亿名信徒一起，于世界各地引发多起恐怖行动。当人们接连崩溃倒下，世界处于大混乱之中，为了阻止埃斯而站出来的飞电或人、不破谏、刃唯阿、天津垓，以及灭亡迅雷.net的迅、灭等人，作为假面骑士在与敌人战斗时奋力追查真相。 　　到底，拥有压倒性强大力量的伊斯真面目到底是。伊斯试图创造乐园，又到底有什么意图？ 　　跨越人类和AI的隔阂，用60分钟拯救世界！